Brooklyn Nine-Nine es una comedia que se centra en un recinto policial en el que los delincuentes sufrirán más por el exceso de risas que por el rigor de la ley. El detective Jake Peralta es el mejor de la unidad, pero nunca se ha esforzado por trabajar duro ni seguir las reglas más elementales al interior del escuadrón. Gracioso, divertido y consentido, tiene la admiración de sus colegas y el mejor registro de arrestos del grupo. Sus problemas comienzan con la llegada de un nuevo oficial al mando, el estricto capitán Ray Holt, quien quiere convertir al precinto en la mejor unidad policial de Brooklyn.
La acción de Brooklyn 99 se desarrolla en una estación de policía de Nueva York en donde Samberg hace el papel de Jake Peralta, un talentoso detective que nunca ha tenido que trabajar más de la cuenta o seguir las reglas muy de cerca. Sin embargo, dado que cuenta con el mejor registro de arrestos comparado con sus colegas, siempre ha gozado de ciertos privilegios en su unidad policial, como vestirse desordenadamente, inventar juegos y diversiones, realizar apuestas con sus colegas, retrasarse con el papeleo de sus investigaciones y hacer de cada cosa que sucede un buen motivo para bufonear. Pero las cosas parecen cambiar radicalmente para el detective Peralta con la llegada del capitán Ray Holt (Baugher), quien toma el control de la unidad para convertirla en la mejor, en base a una férrea disciplina.
Esta situación da pie para una gran cantidad de circunstancias divertidas, pues el capitán Holt cree firmemente en las reglas y debe enfrentarse a una estación policial atípica y sin liderazgo. Los oficiales de la unidad de Brooklyn 99 compiten entre sí, se juegan bromas pesadas, chismosean y hasta coquetean entre ellos, sin embargo al final del día cumplen sus misiones, y lo más importante, se cuidan las espaldas mutuamente.
En este nuevo escenario al interior del precinto policial, la cámara testigo de Brooklyn 99 mostrará el rigor del capitán Holt al buscar enderezar al desordenado detective Peralta, quien comenzará a perder su status de oficial estrella si no se adapta a las nuevas reglas de la unidad. Esto podría ser aprovechado con la competitiva Amy Santiago (Fumero), que mantiene una estrecha disputa para ser el oficial con más arrestos. Amy creció junto a siete hermanos policías y está empecinada en demostrar que es una chica dura. Pero las genialidades de Jake Peralta sin duda irán mostrado que es una chica más.